碇真嗣決定駕駛泛用人型決戰兵器福音戰士，選擇戰鬥的道路。這名扛下重責大任的14歲少年，他的故事在接下來將進入未知的領域。另外，與綾波零人氣不分上下的女主角•明日香，也將駕駛EVA2號機參戰。除此之外，極具魅力的全新女主角也將在本作品登場。EVA與神秘生命體「使徒」的戰況，也將因為全新福音戰士的加入而顯得更為激烈。